A capivara é uma espécie amplamente distribuída na América do Sul, e ocorre em todos os países desse continente, exceto no Chile.[5] É encontrada a leste dos Andes até a foz do rio da Prata, na Argentina.[5] Apesar dessa ampla distribuição, ela é mais rara em alguns locais, com algumas extinções locais confirmadas, como em partes dos llanos da Venezuela e em várias regiões da Caatinga, no Brasil.[5] Também foi extinta em parte do litoral do Nordeste Brasileiro, entre o Rio Grande do Norte e o Ceará.[5] No Pleistoceno, ocorria até a América do Norte, no sul dos Estados Unidos.[24] Entretanto, a espécie está se tornando invasora na Flórida.[25][26]
Ao longo desses locais, habita uma ampla variedade de habitats ao longo de rios, lagos, represas e pântanos.[21] É abundante em florestas de galeria e áreas periodicamente inundáveis. Sua presença tem sido reportada desde o nível do mar até 1 300 m de altitude.[21] No Brasil, é abundante nas bacias dos rios Amazonas, Paraná e Araguaia; no Pantanal e nas regiões dos lagos no Rio Grande do Sul.[5]
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